Primul catalog de gene de referință a fost prezentat la cea de-a 50-a ediție a Zilelor Cercetării Suinelor, care a avut loc la Paris, Franța, în perioada 6-7 februarie 2018. Părțile incluse în consorțiul public-privat au fost Institutul Național Francez pentru Cercetare Agricolă (INRA), Bioporc, CCPA, Invivo NSA, Lallemand Animal Nutrition, MixScience și Techna France Nutrition.

Microbiota intestinului porcului
Microbiota intestinală definește ecosistemul microbian care se află în intestin și interacționează continuu cu gazda sa. Funcțiile sale multiple le completează pe cele ale gazdei, aducându-și contribuția inclusiv la digestia furajelor fibroase, care nu sunt sau sunt puțin digerabile, la sinteza vitaminelor și acizilor grași cu lanț scurt, și la maturizarea sistemului imunitar.

În ultimii ani, microbiota intestinală a devenit un segment biologic important al studiului animalelor de fermă deoarece a fost identificat ca fiind un actor important în ceea ce privește variabilitatea individuală a fenotipurilor.

Variații ale compoziției microbiotei intestinale
Rezultatele recente ale cercetărilor pe segmentul porcinelor evidențiază legăturile dintre variațiile compoziției microbiotei intestinale și eficiența furajării, performanța creșterii și îmbunătățirea parametrilor de funcționare ai sistemului imunitar. Secventierea ADN-ului microbiotei furnizeaza informații despre comunitatile microbiene cultivabile si non cultivabile, acestea din urma fiind majoritatea.

Jordi Estellé, INRA, a declarat: “Am stabilit primul catalog genetic al microbiomei intestinelor de porc prin ADN-ul de fecale secvențializat în amănunt, de la un efectiv de 287 de porci crescuți in Franța, China și Danemarca. Catalogul conține mai mult de 7,6 milioane de gene non-redundante. Au fost identificate în total 719 de specii metagenomice. Jumătate dintre gene ar putea fi atribuite taxonomic, iar 98% dintre acestea corespundeau bacteriilor. Phyla cea mai abundentă a fost firmicutes (28,73%) și bacteroides (9,28%). Cataloagele genetice ale porcilor și oamenilor au în comun de 5 ori mai multe gene decât cele ale șoarecilor și oamenilor, susținând utilizarea porcilor pentru cercetarea biomedicală.”

Analiza genelor ce controlează rezistența la antibiotice
Domnul Estellé a mai arătat că: “Analiza prevalenței genelor ce controlează rezistența la antibiotice a demonstrat efectul eliminării antibioticelor din regimul de hrană pentru animale, prin urmare, reducerea riscului de răspândire a rezistenței antibiotice asociate sistemelor agricole.

Probele suplimentare de fecale provenite de la animale de diferite vârste și condiții fiziologice (de exemplu scroafe gestante, purcei tineri înainte și după înțărcare) au fost secvențiate, iar rezultatele au validat că acest catalog este perfectibil, dar deja oferă o bună acoperire a diversității microbiotei”.

Resurse valoroase pentru implementarea metagenomicii la porci
Catalogul genetic al microbiotei intestinale constituie o resursă extrem de valoroasă pentru punerea în aplicare a metagenomiei cantitative la porcine și pentru a contribui la înțelegerea mai bună a construcției și plasticității fenotipurilor.

Domnul Estellé a concluzionat: “Contextul științific și tehnologic este favorabil pentru realizarea de proiecte care depășesc informațiile individuale referitoare la microbiote (diversitate, ecologie funcțională) și la gazdă (genetică, caracteristici zootehnice și clinice, statutul imunitar) permițând atingerea de noi caracteristici care urmează să fie măsurate și îmbunătățite. “